În comparaţie cu sistemele politice din alte state, prerogativele preşedintelui Republicii Moldova sunt limitate. El poate dizolva Parlamentul, în anumite condiţii, poate propune candidatul la funcţia de prim-ministru, poate avea iniţiative legislative şi promulgă legile votate în Parlament.
Şeful statului, după consultarea fracţiunilor parlamentare, desemnează candidatul pentru funcţia de prim-ministru şi numeşte Guvernul în urma votului de încredere acordat de Parlament. Tot el are dreptul la iniţiative legislative şi promulgă legile adoptate de deputaţi.
Preşedintele poate să dizolve Parlamentul în cazul imposibilităţii formării Guvernului sau dacă a fost blocat procesul de adoptare a legilor timp de trei luni.
De asemenea, el poate decide întrunirea Parlamentului în sesiuni extraordinare sau speciale, aşa cum o pot face şi şeful Legislativului sau o treime dintre deputaţi. Preşedintele numeşte şi demite procurorul general, la propunerea Consiliului Superior al Procurorilor.
Constituţia mai spune că preşedintele poartă tratative şi ia parte la negocieri, încheie tratate internaţionale în numele Republicii Moldova şi le prezintă spre ratificare Parlamentului.
La propunerea Guvernului, acreditează şi recheamă ambasadorii. Printre atribuţiile preşedintelui se numără oferirea de distincţii, medalii şi acordarea gradelor militare.
